因水门的命令，卡卡西加入了火影直属的精锐部队“暗部”，在其中发挥自身实力，很快便成为了让暗部的同伴们心服口服的存在。但，卡卡西那毫不留情追杀敌人并刺穿敌人咽喉的姿态也使他开始被人称为“冷血卡卡西”，水门也对心中染上黑暗的卡卡西感到担心。此时，水门的妻子·玖辛奈怀孕了，得知此事并沉浸在喜悦之中的水门交给卡卡西一个特别的任务。然而，村子被暗中活跃的面具男操纵九尾袭击的那个夜晚也逐渐逼近……