加入了暗部养成组织“根”的卡卡西，目击到了能够使用只有初代火影·柱间才会使用的木遁忍术的少年。为了查明真相，卡卡西侵入第三代火影·日斩的书房，在那里发现了有关“柱间细胞”的资料，并且知道了现在还有人继续着这种研究、以及村内多次发生儿童诱拐事件这些事实。而就在此时，“根”似乎将要实行日斩暗杀计划。身为“根”一员的卡卡西到底是否会执行这个任务呢？