第四次忍界大战后过了两年，以前老是说着「麻烦死了」的鹿丸，如今在木叶村已经负责包括忍联盟等诸多重要事务了。被忙碌事务充斥的日子里，鹿丸甚至连自己上次抬头看云是什么时候都忘记了。随后在某日，爆发了忍者大量失踪的事件，鹿丸以自己合适为理由，亲自奔赴了“暗杀任务”。