为了修理被斯卡破坏的机械铠，爱德华与阿尔和随身保护他们的阿姆斯特朗一同前往利赛布尔。马可秘密给予的纸条中，记载着“贤者之石”相关研究资料的藏匿处，中央图书馆第一分馆。为了好不容易掌握到的“贤者之石”线索，两人又再度出发。