虽然在第五研究所获知了贤者之石的真相，爱德华与阿尔还是决定另寻他法来恢复原本拥有的身体。二人为了追求那个可能性，决定离开中央市。另一方面，持续调查第五研究所与贤者之石的休斯，最后发现到了某件事实。