曾是国家炼金术师，却在伊修巴尔歼灭战后投身反政府运动的男子“冰冻之炼金术师”艾萨克，突然现身于中央。“焰之炼金术师”罗伊‧马斯坦奉大总统金‧布拉德雷之命，与拥有机械铠手脚的少年“钢之炼金术师”爱德华‧艾尔利克，以及其弟弟阿尔冯斯‧艾尔利克前往执行缉捕任务。艾萨克似乎有所企图，不断在中央残杀军人与市民。他真正的目的究竟是什么呢？