SEELE 绑架了冬月，力图从他那儿了解 NERV 的真实情况。面对质问，冬月回忆起许多往事。1999 年任大学讲师时初次见到碇源度、2000 年的“第二次冲击”、人口进化研究所、以前的学生、后成为源度妻子的碇唯之死、赤木直子博士的死亡与 NERV 的诞生。不久，冬月被加持救出，但加持却被不明的人枪杀。 【叙述 NERV 的一些往事的这一剧本，看似为观众解答有关 NERV 的问题，但实质上却是设下了更多的谜团。在这一话中，真嗣的母亲碇唯与律子的母亲直子有出场，而且大家也可以看到源度及冬月他们年轻时的样子。至此，除了剩下的三个使徒，EVA 的相关人物已经全部出场过了。碇源度之所以靠近碇唯，据说是因为唯的才能以及她身后的神秘组织 SEELE 。此外，原先讨厌源度的冬月后来为何究竟会为何成为源度的得力助手呢。副标题是他被告知他仍是一个孩子。在这一话的最后，面对听了加持电话留言而痛苦不已的美里，真嗣感到他自己“什么也做不了，什么也说不出，自己还只是个孩子”。】