在动物棚照顾兔子时，柯南、灰原、步美、元太和光彦遇到了帝丹小学的毕业生村中健、柳泽保和市桥伊崎。他们被要求在同班同学为同学会做准备的时候，挖出时间胶囊。明美是唯一知道埋藏时间胶囊位置的人，她留下了一串密码，侦探少年们与毕业生们一起寻找线索。但在搜索过程中发生了一些奇怪的事情，柯南认为有人在干扰他们寻找时间胶囊...