学校里最近发生了很多诡异的事情，而且教导主任在没请假的情况下也消失了好几天，当柯南向老师和校长问及此事时，大家也都避而不语，为调查真相少年侦探团夜探帝丹小学，附有学生名字的娃娃，移动的人体模型，窗户后面的黑影，楼梯上的烟雾和扶手上的红色颜料，以及自己班级里突然出现的十几个黑影，虽然这一切看似扑朔迷离，但是真相只有一个。