受渔夫日高大成委托，柯南、小兰、小五郎来到鹿儿岛县屋久岛，希望能找到女儿——非政府组织法人“屋久岛森林防卫队”代表日高良美遇害事件的犯人。嫌疑人是第一发现者、导游北别府绫也，原未婚妻蟹江太郎，好友国生香澄以及纠缠着良美的山元裕二四人。