京都港町，柯南、小兰与小五郎追查一起仿照浦岛太郎传说的离奇案件。嫌疑人之一富樫瞳联系小五郎称"找到了凶手决定性证据"，但通话中途切断，随后她便下落不明。正当众人与居民们在海边搜寻时，浦岛太郎的旋律再度响起——富樫瞳的遗体漂浮在港口。未能阻止的连锁案件让柯南等人痛心不已，此时京都府警的巡逻艇突然出现！站在船头的是带着花栗鼠的绫小路文麿警部！如水波般摇曳的真相前方，等待着他们的将是殊死攻防！？