在支持平次与和叶恋情的兰的计划下，柯南、小兰、小五郎、平次与和叶来到了绝景胜地鹫雄山。为避雨而前往途中经过的升乐寺时，听闻了关于魔物“红莲骷髅”的传说——它会伴随鬼火现身，掳走作恶之徒，食尽魂魄后留下空壳离去。话音未落，柯南等人眼前竟出现幽幽鬼火，小五郎随之离奇消失……在寻找小五郎的过程中，柯南等人发现了五天前失踪的僧人勘哲的遗体。更匪夷所思的是，本应早已离开禁闭室的勘哲，竟被发现饿死于禁闭室内。此时，柯南的手机收到了小五郎发来的仅附照片的邮件，画面中陈列着若干木雕佛像……掳走小五郎与勘哲的红莲骷髅真身究竟为何？平次能否成功破解案件，并向和叶告白！？