柯南一直到吃晚饭的时候都还不见踪影，博士去找他时也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人决定在古堡进行搜索，然而他们却没有发现凶手正悄悄跟在他们后面，大家跟着灰原来到柯南消失的密室，并发现了血迹和石头上的留言，古堡越来越诡异，之后，光彦和元太也不知了去向，步美和灰原进一步深入古堡，就在她们也发现那具骷髅时，凶手出现。