佐藤警官回忆起了三年前发生的事情，当时她所在的搜查科来了一位叫松田阵平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行动。某日，警局再次收到了连续三年都在这一天发来的传真，看过内容后，松田不由分说的赶去摩天轮，并在那里发现了炸弹，为给四年前因炸弹而死的朋友荻原研二报仇，他只身犯险，却不幸殉职。这时，柯南他们的声音打断了佐藤的回忆，一起吃饭的路上又遇到了高木和白鸟警官，岂料悲剧再度发生。 白鸟警官的车突然发生爆炸，所幸他并没有当场死亡而是被立马送去了医院，在他的手中，佐藤警官还发现一封和三年前相似风格的挑战书，为了寻找炸弹，警察在慌乱中展开调查，柯南也从佐藤警官那里得知了，这个爆炸狂与警察的渊源，七年前警察和两名歹徒产生了误会，而导致其中一人出车祸死亡，于是这名活下来的歹徒便安放炸弹报复警察。 少年侦探队为帮白鸟警官报仇，坚持留下来和警察一起进行破案，根据歹徒留下来的警告信，警方认为炸弹就安在红色的电车上，可是费尽力气找到的全都是用来混淆视听的假炸弹，如果找不到炸弹,住在东京区的1200万居民都将成为人质，柯南再次仔细琢磨这封警告信，发现歹徒所指的地方就是东都塔，并且那里也已经发生了一次小型爆炸。高木警官和柯南冲入东都塔，成功将困在电梯的女孩解救，但他们两人就没有那么幸运了，柯南发现装在炸弹上的水银汞柱已经启动！ 因为歹徒在炸弹上装了窃听器，可以听到他们的一举一动，只要他们一逃走，歹徒就会马上引爆炸弹，于是，柯南建议将炸弹拆除，期间，他突然想起了关于另外一枚炸弹的线索，便和高木警官稍作商量，为正在窃听他们的歹徒演上一出戏，眼看炸弹上的时间一点点流逝，柯南和高木警官能否瞒过歹徒安全逃脱？而另一边，目暮警官在天桥上将爆炸狂逮捕，他是如何得知歹徒的位置，又是根据什么推断出另外一枚炸弹的位置呢？