与黑衣组织的战斗告一段落，又回到了平静的生活。某天，少年侦探队获知同样就读帝丹小学的雨宫翔子突然消失，据说她和灰原十分相像，莫非黑衣组织的魔爪已经深入学校？为找到翔子，放学后大家展开了调查，期间还遇到神色可疑的老师，之后一行人找到了翔子失踪前来过的便利店，并得知她在这里买了饮料、牛奶和小刀片，就在柯南他们百思不得解时，由美出现……