【主线剧情】以灰原为目标的黑暗组织展开了新的调查，执行此任务的人代号波本。另一方面，同校学生杉浦开人拜托少年侦探团调查住在他们家的奇怪房客，可当柯南他们第二天赶到时，却发现公寓已被大火烧毁，在这片废墟中，警方找到了杉浦开人的日记，他分别给三名房客起绰号为红、白、黄，而黄色的人很有可能就是放火的人。