妖怪仓库是把贵重的物品放进里面就会立刻消失的仓库，少年侦探团为了弄清真相决定一探究竟，元太他们为了让柯南露出无话可说的表情而干劲满满。在调查了仓库内部之后，柯南只看到了地板上留下的零星脚印和嵌在墙上的大算盘，除此之外别无他物。但从外面的天窗向里面看的话，就能看到堆积如山的宝物，可意外的是当再次打开仓库的门时，里面的宝物就全都消失不见，柯南提出的天花板和地板机关的猜想被光彦等人否认，难道妖怪仓库真的存在？