少年侦探团和阿笠博士一起来到神社赏樱。为了共享情报，柯南和负责调查黑衣组织的FBI搜查官朱蒂接触。但是，在那儿却遇到了小偷被击打致死的难解事件？！据目击证人阿笠博士叙述，凶器是30cm左右的细棒。嫌疑人是三名赏樱客：段野赖子，弁崎桐平和阪卷重守。可是三名嫌疑人身上及其他地方都找不到凶器？！灰原不经意间的一番话点醒了柯南，失踪的凶器在何处？凶手是谁？柯南一番推理使案件水落石出，组织成员也揭下了伪装……？！