称为“太阁名人”的羽田秀吉在山梨与胜又力展开名人战。第二天的对局前，秀吉收到了恋人宫本由美被犯人“无头骑士”绑架的勒索信。对局开始后，秀吉为了救由美，申请长考后打车来到东京。秀吉解读第一个暗号来到了明治神宫，在能量景点周围寻找时遇到了柯南等人。暗号提到的地点是加藤清正的井。听说了经过的柯南来到了清正井边，找寻第二个暗号的线索……