【主线剧情】终于从灰原手中得到解毒剂试制品的柯南，恢复成了新一的状态，和兰以及众同学前往京都。在清水寺高台，新一一行人遇到了女演员鞍知景子一行，并得知一位姓出栗的男子曾经在此坠落。景子请求新一帮忙查明出栗的真正死因，而新一正准备调查时，不久却发生了命案，犯案现场被比拟成了天狗传说。新一在药效过了之后，急忙藏身于房间床底，并通过服部骗过了同学们。第二天，柯南醒来并再次吃下解毒剂恢复身体，随后，他和服部听到了鞍知的朋友阿贺田的惊叫声……连着两起案件似乎并没有其他线索，此外，由于解药的药性和自身的抗体，新一需要规律性服药。不久，大冈红叶的登场带来了新的案件，在一群网络水军受雇在街上制造“天狗暴乱”之后，新一等一行人再次遇到了新的惨剧……