来自秋田的高中生森田芽衣子，被条件过于优厚的天宫女学院选中成为转校生，来到了东京开始寄宿生活。宿舍同时也是一家漫画咖啡店，她需要进行志愿服务在店里打工。身为店主兼宿舍长的大小姐天宫梨绘、视频博主铃木万里花，以及硬核玩家中野音绪。就这样，与这些舍友们在一起的一叠间漫画咖啡屋生活正式拉开帷幕！然而，芽衣子之所以能成功编入学校，其实是因为她被误认为成了同名的新人漫画家“森田芽衣子”……

和音绪一起去采购，大家一起商量店里的新菜单，芽衣子也逐渐适应了在漫画咖啡店的生活。就在某天，梨绘的母亲，同时也是天宫女学院理事长的天宫梢来到了店里。梢告诉她们，再这样下去店就要关门了。原来，由于梨绘的放任式经营，店里早已陷入巨额赤字。芽衣子等人急忙着手改善经营状况，然而……！？

芽衣子和音绪一起打僵尸游戏，和万里花一起拍摄直播视频，与大家共同度过着快乐的每一天。就在某天，在同栋大楼猫咖工作，超级爱猫的少女成海美知花闯入了店里。美智香对于梨绘强行扩张店面的行为感到非常愤怒，认为这导致猫咖的空间变小了……漫画咖啡厅与猫咪咖啡厅，这场跨行业的对决即将拉开帷幕……！？

正值盛夏，漫画咖啡店生意兴隆，芽衣子她们心情大好。然而空调却突然发生故障，导致她们不得不暂停营业。面对因经营刚步入正轨就遭遇波折而垂头丧气的梨绘，梢在一旁不停安慰。对于正发愁在空调修好前去哪里落脚的芽衣子等人，梢提议去关岛的别墅避暑。于是，芽衣子她们带着满花，立刻启程前往南国度假胜地！

芽衣子沉浸在前些日子的关岛之旅中，有些心不在焉。结果她的期末考试没及格，需要参加补考。作为补考战友的万里花、音绪，与原本成绩就很好的梨绘，再加上被卷进来的满花，众人一起开始了艰苦的考前突击。终于迎来了暑假，万里花和音绪动身回老家。好不容易熬过补习的芽衣子，本打算回老家去见弟弟妹妹们，却又放心不下独自留在店里的梨绘……

暑假接近尾声。虽然期间还发生了芽衣子弄丢内裤，就那样真空在店里乱晃之类的事情。不过返乡的音绪和万里花也已经回来，店里又完全恢复了往日的气氛。某天，芽衣子等人注意到有一位客人似乎一直住在店里，于是决定前去确认她的身份。那名客人一边对历史漫画兴奋不已，一边用武士般的口吻说话，还拼命想隐瞒自己的来历，是位十分可疑的女性……而她的真实身份究竟是！？

即便新学期已经开始，芽衣子她们却依然过着和平常没什么两样的日子。满花和铃木也早已成了店里的常客。在学校里，大家聊着轻小说、经历着座位调换，在社团活动室里更是因为打游戏和聊些尺度边缘的同人志而热闹非凡。而生活已经彻底堕落的万里花，则在直播时因为腰痛而直接露出了内裤，大家一起帮助她改善体质。音绪则为参加游戏大赛而拼命练习。众人的漫咖生活仍在继续……！

时值金秋，天宫女学院的大运动会正式拉开帷幕。芽衣子原本打算轻松愉快地享受比赛，然而贵族学校的运动会规模却完全超乎她的想象。在代理理事长梨绘的主导下，各种砸下重金的比赛项目接连登场，现场不仅漫天飞舞着钞票，更排列着无数造价高昂的比赛道具。运动服是灯笼短裤，而冠军奖品则是一整头和牛。为了让老家的弟弟妹妹们也能吃上和牛，芽衣子下定决心，向冠军发起挑战……！

正在整理店铺仓库的芽衣子一行人发现了大头贴机，于是决定大家一起拍张照片。万里花发现了被自己封印的黑历史物品，企图偷偷处理掉。就在这时，某个人影正向她逼近……大家各自发挥自己的特长，齐心协力追踪被绑架的万里花的去向。犯人的真实身份究竟是谁？他的目的又是……！？