无人岛的考试结束后，绫小路清隆他们1年D班的学生在豪华客轮上享受着暑假。然而这只是短暂的休息，新的考试很快就展开。绫小路和轻井泽惠等人被叫到同一个居室，接受考试说明。没想到这次考试完全跳脱班级框架。

「思考」考试的第一天结束。就在绫小路和平田等人为了打破胶着状况而聚在一起讨论时，他们的手机收到一封邮件。堀北看到邮件内容后，深感不悦。另一方面，绫小路觉得轻井泽的行动有异，向堀北打探她的情报…

在C班的真锅她们逼问下，轻井泽乱了方寸。但绫小路却仍然冷静地观察情况，看不下去的幸村跳到了轻井泽等人面前。绫小路看着受到惊吓后表现异常的轻井泽，似乎想到了什么……

第二学期开始了，进入了体育祭的准备时期。由于不论比赛的结果如何都会影响到下一次笔记考试，学生们也无法掩饰自己的不安，此外独特的团队划分了，被学生委托的出场者选拔等，学生们承受的压力也很大……

怀疑栉田是叛徒的绫小路。借口侦查其他班让堀北和栉田一起行动。在那里，堀北表现出意想不到的行为。体育祭当天红队在堀北和须藤的表现下取得了良好的开局，但绫小路却对结果一脸冷漠…

须藤和D班的学生起冲突，愤怒不已地离开体育祭。堀北追着他跑了出来。堀北叫住他并跟他交谈，尽管听到了须藤的各种抱怨，但还是忍耐着跟他沟通…

学生会的交替仪式结束了，绫小路被佐藤叫出去。就在这个时候，期中考试的考试结果发表，D班的退学人数达到了0人。但是茶柱说道，真正的测试是在期末举行的特别考试，俗称Paper Shuffle…

为了应对paper shuffle召开了学习会，绫小路参加了以幸村为中心的学习小组。同组的长谷部·三宅组合擅长和不擅长的科目都是一样的，可能会两败俱伤。但是，绫小路提出了有个可以找出考试问题倾向的方法……

在paper shuffle的背后，堀北与栉田以退学为筹码的比试开始了。 另一方面，龙园出现在了参加学习会的绫小路面前。并受到了龙园发送的邮件的挑衅……

圣诞节将至，学生们都很浮躁。轻井泽也是其中一员，享受着街道上的圣诞节氛围。但是，放学后和佐藤一起玩耍，但是发现被C班的学生跟踪了。另外，绫小路也在学习会中被某个人监视了……

和绫小路的协力关系突然解除的轻井泽，无法隐藏自己由于和他完全失去联系的迷茫。就在这时候，D班在讨论今后班级当真的时候，龙园他们C班的人出现了…

龙园为了揭开幕后黑手的真实身份，将轻井泽逼入绝境。遭到欺凌的记忆在脑海中闪现——并在调查中发现幕后黑手在利用轻井泽。即使如此轻井泽还是对绫小路的事绝口不提…

经过之前的事情，轻井泽发现了自己心情发生了巨大的转变。此时，佐藤找她商量圣诞节的时候和绫小路约会的事。轻井泽虽然心情复杂，但仍然认真地给佐藤出谋划策…