科学少年·千空天生拥有超人的头脑，其好友·大树，性格直率并以其体力而自豪。一直暗恋着青梅竹马杠的大树，在千空打趣下终于打算向杠传达自己的感情。但是突然间，天空被耀眼的光线覆盖，世界上的人类在一瞬间全部「石化」的谜一般的现象发生了。此后约3700年后——在文明全部消失的「石之世界」中，从石化中解放出来的千空和大树再度重逢，发誓要从零开始创造文明。