科学少年·千空天生拥有超人的头脑，其好友·大树，性格直率并以其体力而自豪。一直暗恋着青梅竹马杠的大树，在千空打趣下终于打算向杠传达自己的感情。但是突然间，天空被耀眼的光线覆盖，世界上的人类在一瞬间全部「石化」的谜一般的现象发生了。此后约3700年后——在文明全部消失的「石之世界」中，从石化中解放出来的千空和大树再度重逢，发誓要从零开始创造文明。

有一天，世界上的人类瞬间全部石化的谜一样的现象发生了……3700年后的世界里醒来的千空和大树，在文明完全消失的石之世界中反复进行实验终于完成了解除石化的复活液。首先，是试图让青梅竹马·杠复活的俩人，但遭遇了意想不到的紧急事态，让曾经被誉为灵长类最强高中生的男子——狮子王司复活了！

千空和大树使用完成的复活液，解除了灵长类最强的男人·狮子王司的石化。但是，司却对千空提出了「只让纯粹的年轻人复活，净化人类」的极端思想，并开始破坏石化的成年人。感到危险的千空，决定复活青梅竹马的杠。然后交由大树和槓两人判断，是一起逃离这个地方，或是和自己一起阻止司的破坏。这时回来的司毫不隐藏自己的杀气，向千空等人逼近……

千空他们三人离开司，来到了箱根。为了对抗拥有最强武力的司，必须要得到「火药」，他们在箱根收集必要的材料，赶紧开始制造火药。在这种情况下，千空等人发现了远处有狼烟升起！当千空确信石之世界里除了他们之外还有其他人时，他冒着会被司发现的风险，发出了信号……

在箱根的森林里，千空他们发现了远处的狼烟。但是，他们在找到狼烟发出处之前，被追上来的司发现了，杠被当作人质，千空只好告诉司复活液的配方，不过，他不能接受「为了活命而舍弃科学」的交易而被杀。将愤怒和悲伤隐藏的大树和杠，抱着与千空一起许下的「共同战斗」的约定，向司发起挑战！

人类被石化后数千年的某一天。独自一人从石化中苏醒的千空，开始在文明消亡的世界求生。光是确保最低限度衣食住，体力就已到达极限的千空，找到了体力笨蛋的好友·大树的石像，尝试复活他。而现在——抱着被司杀害的千空，大树和杠也一样，坚信着和千空的约定，尝试复活千空。

与大树和同比分别后，与神秘少女·琥珀相遇的千空，被带到了琥珀所生活的村庄。在这个石之世界里，千空看见了很多人生活的景象，感到很吃惊。就在这时，村里守卫的金狼和银狼突然出现！为了打倒司帝国而想要大量劳动力的千空，企图把金狼等村民们全部变成自己的伙伴，然而预感到事态发展的自称天才妖术师的男人·阿铬也登场了，两人之间科学VS妖术的对决开始了！

得知琥珀的姐姐同时也是村里巫女的琉璃被病侵的千空，向琥珀和克罗姆宣言要制作科学的万能药「磺胺类药物」！他们在得到村里的少女·西瓜的协助后，为了制成磺胺类药物，规划了庞大的路线图！然而，路线图的第一步是「炼铁」，他们很快便由于人力资源不足而遇到困难。于是千空企图用「科学美食」收买村民来帮助他们。

为了治疗琉璃的病，开始制作万能药·磺胺类药物的千空等人。首先为了收集炼铁所需要的人员劳动力，制作了科学美食狗尾草拉面，成功抓住了村民们的胃。在那样的情况下，可疑的男人·浅雾幻出现在千空等人面前！明明知道是司帝国的间谍，他们对仍看不到其本性的幻保持警戒，继续进行抗生素制作的千空，说出要在村子里建造「发电站」的话……

在正在制作磺胺类药物的千空等人面前，突然出现了司帝国的间谍·浅雾幻。 在他轻浮的对话语气中，千空等人在意着看不见本性的幻的动向的同时，一边在炼制着铁，他们终于得到了电能。这时，村子里发生了幻被什么人袭击的事件！在千空等人寻找犯人的过程中，正在治疗中的幻消失了，村里开始紧张起来……

幻向司谎称千空已死，与千空缔结了同盟，成为科学王国的一员。另一边，琥珀等人，为了让自己人中一员成为村长，令琉璃吃下磺胺剂，打算参加御前比武并获得冠军。正准备开始磺胺类药物科学规划图的千空，为了帮助视物不清的西瓜，决定帮她制作「眼镜」，拉拢了村中的手艺人·卡瑟吉，开始挑战制作「玻璃」！

千空让手艺人卡瑟吉加入之后，在科学王国中建造了科学研究室。为了取得制作磺胺类药物最难获得的材料「硫酸」，和银狼一行人出发去森林深处探查。目睹硫酸湖附近积攒的毒气之可怕的银狼，因恐惧而退缩。下定决心的千空与克罗姆准备好手作防毒面具，在危险和不安之下，拼上性命挑战收集硫酸！

在银狼的舍命救援下，终于得到最难获得的素材·硫酸的千空一行人。凑齐了必要素材，在科学研究室开始一口气向制作磺胺类药物进发。就在这时千空得知，在御前比武中获胜的人，能够得到磺胺类药物必要的最后一项素材·酒。于是他紧急和银狼策划在比赛中作弊，并报名参加。然而，纯靠运气的比武阵容，却出现了意想不到的结果！

御前比武终于开始。为了获得冠军能得到的酒，千空一行人计划作弊参加比赛，然后第一场比赛就出其不意了，变成了金狼 VS 玛古玛的最强对决！但却陷入了玛古玛和曼特尔的卑鄙陷阱中。

激战持续的御前比武。在半决赛中打败强敌岩浆的是身负重伤却仍相信科学力量而战斗的阿铬。比赛是科学王国的完全胜利！由于意外的事件，千空虽然获得了优胜，但得到了招待优胜者的酒的千空等人，一口气推进了磺胺类药物的制作！终于，能够治疗琉璃的疾病的万能药——磺胺类药物得以完成！

在服用了磺胺类药物后，琉璃的病情慢慢得以好转了。因为救了女儿的命，所以被黑曜所认可，千空成为了村长。然后，巫女琉璃讲述了这个村子代代相传的百物语之一的石神千空。那是从距今约3700年前，宇航员千空的父亲百夜和同伴们一起踏上宇宙的地方开始的故事……

村中巫女·琉璃讲述百物语。「 石神村」的创始人，就是宇航员，千空的父亲·百夜……在石化现象发生的瞬间，在宇宙空间站里的百夜他们6位宇航员，为了寻找人类石化的原因，决心返回地球。但是，他们要面对的是残酷的生存条件。跨越数千年，百夜给千空的留言到底是……

跨越数千年时光，千空终于收到百夜的留言。为了庆祝新村长的诞生，村里开始了宴会。就在这时，千空等人从曾是司帝国间谍的幻这里，听到了司军团马上会来攻打的消息。突然，正在负责守卫的金狼和银狼面前，出现了司军团的战斗员·冰月！在司军团的奇袭之下，村子陷入了危机！

石神村遭到司军团的战斗员·冰月等人的袭击。面对战斗力超群的冰月等人，千空一行人用日本刀迎击！然而，冰月忠实的部下·焰放火烧村，引发火灾，逆转了局势。四散而逃的村民们，再度面对司军团的威胁……

「我要制作人类200万年的最强武器，手机！」随着千空的宣言，全村开始了手机的制作工程。千空为了先发制人进攻司军团，需要获得情报站的最强武器，手机。然而，这对石之世界的村民们来说，还是未知的领域。就在这时，开始踏出手机制作规划图第一步的千空等人，不知为何，做出了那个甜品……