为了对抗赛诺军，千空一行人开始执行珀耳修斯号的「航空母舰大改造计画」。就在快速进行改造船只工程的同时，也组成了一支为了绑架敌方领袖赛诺的特殊部队，司一行人往敌阵方向前进。另一方面，赛诺将暗杀Dr.大树的任务交给总司令官史丹利，而他则让露娜以间谍的身份混入珀耳修斯号。从露娜说漏嘴的情报中得知，千空与赛诺之间的惊人关系！