在宝岛上的激烈战斗结束，千空一行人回到科学王国。利用到手的石化装置复活了司，他也成为科学王国的同伴。接下来，千空一行人以前往石化元凶WHY人发信源的月球为目标，启动「月球表面着陆计划」。为了在世界中收集太空船的素材，搭乘珀耳修司号奔向大海。然而，前往美国的旅途中，千空和龙水对于驶向哪个航线有很大的分歧！究竟该采取哪个航线，居然以抽牌对决来决定！

千空VS龙水以扑克牌对决决定航海路径，千空以漆孤注一掷获胜，最后决定走难度100%最短路径前往美国。辛苦的航行之旅，需要一点娱乐！经龙水的提议，船上诞生了赌场。法兰索瓦则为了宾客提供特调鸡尾酒，「法兰索瓦酒吧」就此开店，让船员们尽情享乐。此时，松风想起过去罪恶元凶石化装置的回忆……

经过了将近40天的辛苦海上船行之旅，倾尽科学航海术和团结之力，珀耳修斯号终于抵达美洲新大陆。千空一行人亲眼见证失去过去辉煌文明的美国现况，重新下定决心，一定要解救全世界的人类。话不多说，千空一行人顺着沙加缅度河，寻找重要的复活液材料玉米；到了夜晚，点起诱蛾灯持续探索时，司感到一股强大的杀气……！

科学王国一行人终于踏上美洲大陆。千空他们正靠着黑暗的诱蛾灯来寻找玉米，此时司在黑夜中感受到强烈的杀气！突然间，不知被何人以机关枪袭击！靠着司的超反应和龙水的机智，好不容易逃过最危险的状态，却也因此确定，在美国有个超高科学力量的人复活了。隔天早上，再次出现的敌方，祭出更令人惊讶的科学武器，威胁着千空一行人！

千空一行人被在新大陆上拥有高度科学力量的复活之人所袭击，为了找出敌人的大本营，幻自愿成为间谍潜入敌人城里。在那里遇见敌人的首领、科学家Dr.赛诺，并受到他的质问。赛诺通过无线电波和千空一行人取得联系，并靠着幻提供的假情报，要求和大树对话。紧张刺激的交涉就此展开！另外，千空一行人为了准备即将与赛诺军队决，正尝试升级珀耳修斯号！

为了对抗赛诺军，千空一行人开始执行珀耳修斯号的「航空母舰大改造计画」。就在快速进行改造船只工程的同时，也组成了一支为了绑架敌方领袖赛诺的特殊部队，司一行人往敌阵方向前进。另一方面，赛诺将暗杀Dr.大树的任务交给总司令官史丹利，而他则让露娜以间谍的身份混入珀耳修斯号。从露娜说漏嘴的情报中得知，千空与赛诺之间的惊人关系！

千空从露娜口中得知，名为赛诺的男人，是他的科学恩师。在千空还是小学生时，就寄了一封mail给世界中各大科学机构，而愿意回信的只有NASA的科学家Dr.赛诺。科学少年千空，因赛诺热爱科学的话语，获得了力量；而赛诺也乐于和年轻科学家交流。然而，就在数年后，赛诺诉说着想藉由科学的武力成为独裁者的愿望……

曾透过科学成为师徒的赛诺与千空，两人同时从石化中苏醒，并在各自所处位置发展科学。复活后，赛诺以制造科学武器为目的，打造城堡、成为引导世界的独裁者。而如今，枪法了得的史丹利听从赛诺的指令，狙击科学王国的领袖！身为间谍的露娜，在船内寻找目标，并传递讯号给史丹利……

赛诺发现科学王国的领袖曾是自己徒弟的千空，但即使如此，赛诺仍命令史丹利狙击千空。珀耳修斯号陷入混乱期间，千空被史丹利射杀！在千钧一发之际，千空透过防御虽受了重伤，但仍保有一口气。大树拜托曾是医学系生的露娜医治千空。此时，观察赛诺城的阿铬一行人，开始计划如何捕捉赛诺。

为了潜入赛诺的城内，阿铬一行人打算挖掘秘密地道。科学师阿铬代替被狙击，正在生死之际的千空，自行想出挖掘地道的钻地机。另一方面，大树拜托露娜治疗千空，但露娜身为赛诺方的间谍，却对千空抱持着特别的情感。就在此时，赛诺威吓科学王国的秘密兵器完成了……

科学VS科学，以双方首领为目标的速攻终于开始了！对上拥有强大科学武器的赛诺军团，千空一行人把珀耳修司号升级程航空母舰！伤势刚痊愈的千空，和龙水一起搭乘飞机，向史丹利挑战空中缠斗。激烈的空战不断扩大，赛诺军偷偷开发的巨大秘密科学兵器，逼近了在船上的松风一行人！

天上、地上、水上全面开战，科学王国之间的压制战越演越烈。千空和龙水在空战中不断与敌军空中缠斗；水面上赛诺军团的巨大潜水艇则开始袭击珀耳修斯号！在看似无法挽回的战况下，阿铬等人抓到了赛诺！他们偷偷挖掘隧道，执行潜入赛诺城堡的计划，抓到赛诺后，让赛诺和阿铬一起从隧道逃脱。此时，千空来到曾是他的科学师父赛诺身边……