在与赛诺军团的战斗中，千空一行的科学王国失去了对珀耳修司号的控制。然而，千空的伙伴克罗姆等人成功捕获了赛诺。随后，千空将玉米城托付给妮奇等人，一边躲避斯坦利的猛烈追击，一边前往石化光线的发生地——南美。为了揭开石化光线以及月球之谜，千空决定与昔日的科学导师赛诺携手合作！地球上最强的两位科学家，携各自的智慧，共同逼近那道诡异光芒的真相……！