在与赛诺军团的战斗中，千空一行的科学王国失去了对珀耳修司号的控制。然而，千空的伙伴克罗姆等人成功捕获了赛诺。随后，千空将玉米城托付给妮奇等人，一边躲避斯坦利的猛烈追击，一边前往石化光线的发生地——南美。为了揭开石化光线以及月球之谜，千空决定与昔日的科学导师赛诺携手合作！地球上最强的两位科学家，携各自的智慧，共同逼近那道诡异光芒的真相……！

千空与赛诺这两位科学家合力推理出石化光线的发射源，一行人立即动身前往目标地点，开启了他们在亚马逊展开的冒险与寻宝之旅！然而，为了摆脱使用超高速航母逼近的斯坦利部队，他们必须赶紧就地补充木材作为燃料。在大树彻夜不停地伐木时，夜空中却突然浮现出神秘的文字，还出现了一个人……！

千空一行人一边前往位于南美洲的石化光线发源地，一边全力逃离史丹利的追击；途中让天才地理学家雀儿喜加入，并以最短路径前往目的地！最优先需要的是，拥有横越亚马逊森林能力的「机车」；千空一行人为了争取时间获得必要材料「橡胶」，对史丹利一行人展开诱敌作战……！为了突破VS史丹利的包围网，千空一行人全力挑战以惊人速度制作机车！

千空一行人以研究室车诱敌作战对付史丹利一行人来争取时间，获取制作机车必须材料橡胶，所有成员同心协力，以最快的速度完成6台机车！甚至顺利躲过斯坦福部队的追击，成功在突破包围网战斗中获得胜利！与此同时，千空传讯息给位于玉米城市的妮琪一行人，传达分解石化装置的构造。他们叫醒了能够进行分解工作的技师，终于要揭开石化装置的秘密了！

千空拜托妮琪他们解析石化装置的机关。唤醒王牌钟表技师乔艾尔，确认了石化装置的能源来源。另一方面，为了躲避史丹利他们的最后猛追，千空一行开始制作索道。一行人齐心协力，挑战生死攸关的翻山越岭！接着，千空带领大家穿越严酷的亚马逊密林，等待他们的是令人震惊的景象——

千空一行人穿越南美洲极限路线，终于抵达石化光线发射原点；那里沉睡着大量的石化装置，景色既凶悍又美丽，令琥珀一行人感受到从数千年前撒落的敌意气息。千空得到大量早已用尽能源的石化装置，迅速和赛诺一同作科学分析！另一方面，斯坦利部队逐渐逼近……

妮琪一行人接获千空传达的命令，挑战制作石化装置能源的钻石。众人齐心协力，在没有科学家的情况下，从零至做出了钻石！另一方面，千空一行人为了打造超合金城镇，目标前往拥有丰富稀有金属，被誉为「石之圣域」的巴西都市——阿拉沙！然而，接获赛诺秘密通讯的史丹利部队，为了先抵达那里而做出了行动……！

即将面对和史丹利的最后决战，千空一行人筑起了石化装置要塞，正拼命让最后一丝希望的王牌石化装置重新启动，史丹利部队登陆阿拉沙。西瓜和法兰索瓦欲传递消息给千空时，陷入了危机……！察觉到事态严重的琥珀、司、冰月等三人，为了阻止史丹利部队，挺身加入决死的游击战！

科学王国VS史丹利部队的最终决战终于开始了。为了阻止史丹利部队前进，尝试决死抗战的琥珀一行人，就算身受重伤，仍将自己的命运全权托付给千空一行人。在激烈的攻防战中，成为同伴盾牌的科学王国战士一一倒下，在这命悬一线的情况下，失去王牌而丧失志气的化石一行人，收到来自玉米城市的最后讯息……！

大树和龙水他们在跟史丹利部队最终决战挺身而出后一一倒下，在如此绝望的强况下，乔艾尔终于完成了石化装置。玉米城市的同伴们赌上性命以正面特攻的方式启动了石化装置！诡异的光线散发出去，包围了整个地球的石化光线，在跟史丹利一行人的激烈抢夺复活液之战中，逐渐石化的千空，将最后希望托付在……

因石化装置启动，全世界的人类都变成了石头。在黑暗中，千空仍不断数秒等待复活的时刻到来。此时，西瓜因被千空托付的复活液浇到而苏醒，在庞大的孤独与不安之下，她努力取得食衣住，并将同伴们的石像都收集起来。然而，西瓜仍是找不到最重要的复活液，只能依靠千空留下的笔记，一个人从零开始走上科学之道。

在世界上的所有人类都被石化的石之世界，西瓜挑战从零开始制作复活液。既寂寞又不安的情绪、不断地失败与重新尝试，终于让千空复活了！科学王国的同伴们一一复活，暌违七年再次相遇时，千空察觉了石化装置所蕴含的恐怖秘密……此时，找出WHY人真面目、降落月球表面的计划，重新席卷全世界再次启动！和同伴一起前往外太空的路线图再次曝光！