死神琉克搞丢了他的“死亡笔记本”，被人间界的一个高中生夜神月捡到。夜神月原本不相信这本死亡笔记本，但是看了使用说明后不禁想尝试一下，于是照着说明，将对方的名字写在死亡笔记本上，结果对方真的死了。夜神月十分惊愕，因为自己顿时成了杀人犯，承受着精神上的折磨。接着，死神琉克出现在夜神月的房里…

夜神月知道死亡笔记本的威力后，开始大量的使用死亡笔记本杀人，但是他杀的大多是作奸犯科的罪犯，而这些罪犯都突然死于心脏麻痹。由于人数太多，死因太过巧合，引起ICPO国际刑警组织的关注，甚至找来神秘的破案顶尖高手「L」来参与侦办。于是夜神月和L透过电视现场转播展开一场大对决，究竟谁胜谁负呢？

夜神月杀掉出现在电视里的假L之后，L因此推论基拉是和日本警方内部有所关连的人，于是请来美国FBI协助秘密调查。但不久，跟踪夜神月的探员就被死神琉克发现了。但因为夜神月不知道他的名字，无法对他下手。此时琉克告诉夜神月，如果他肯用剩余寿命的一半交换，琉克就能给他死神之眼看到对方的姓名。夜神月会答应这个交易吗？

月利用死亡笔记本能控制死前行为的功能，开始动手计划对付跟踪他的FBI探员…

月用计得知其他FBI探员的名字后便大开杀戒，而此时警视厅也弥漫着对L的不信任感…

FBI探员们的死亡让调查进陷入胶着。此时，却出现一位自称获有基拉重要线索的女子…

虽然在笔记本上写下了那名女子的姓名，但她却没死。月发觉对方使用假名后，处心积虑的要问出她的真名。

月发觉自己的房间受到监视了。为了洗刷自己的嫌疑，他利用摄影机的死角制裁罪犯。

月和L同时以新生代表进入大学，在观众席上，L对月说：我就是L.....

怀疑月是基拉的L，为了分析月的个性而邀他打一场网球赛。此时，樱花电视台却收到了署名为基拉的人寄来的录影带…

录影带中预告的罪犯及不认同基拉的媒体工作者都死了。宇生田急忙赶去阻止电视台继续播放，而夜神局长会！？

L认为有第二位基拉却故意不告诉月，让他观看录影带以便试探他的反应。而此时，拥有死神之眼的第二基拉海砂则是…

月为了跟第二基拉接触而到了青山。没想到却被拥有死神之眼的海砂认出来了。

海砂表明身份后，月决定利用她来查出L的名字。而看完新寄来的录影带后，L推论基拉和第二基拉已经接触了。

L表示，如果自己在近期内死亡的话，月就是基拉。而正当他回学校找月时，碰巧遇见了在附近出外景的海砂…

海砂放弃了死亡笔记本的所有权，而月和琉克也作了某项协议。之后，月独自到搜查总部，并表示自己可能就是基拉…

即使基拉又再度复出制裁罪犯，L也仍旧不愿释放月和海砂。L到底对夜神总一郎提出什么样的释放条件呢？

加入搜查总部的月开始怀疑因基拉事件而快速成长的公司-四叶集团。不料，却在此时受到了来自警方高层的施压…

松田擅自潜入四叶集团总公司，果然被四叶的干部发现了。他以弥海砂经纪人的身份努力松懈对方的警戒心…

搜查总部怀疑四叶集团与基拉有关联，而窃听他们开会的内容。月决定先与说话最具影响力、确定不是基拉身份的奈南川接触。