意大利南部城市·那不勒斯。虽然那不勒斯是个风光绚丽的观光城市，但同时也是个地下社会所支配的城市。为了寻找疑似乔斯达家族的宿敌DIO的儿子——名为“汐华初流乃”的人物，来到这座城市的广濑康一与乔鲁诺·乔巴纳相遇了，并被他偷走了行李。这时，康一得知了乔鲁诺就是自己正在寻找的“汐华初流乃”，并且乔鲁诺也是替身使者。与此同时，乔鲁诺因某件事与混混“泪眼路卡”结下了孽缘，以此为由他也也被黑社会的布鲁诺·布加拉提盯上了……

寻找着让泪眼路卡身负重伤的犯人的布加拉提，使用替身“钢链手指（Sticky Fingers）”将乔鲁诺逼上了绝境。而相对的，乔鲁诺则使用自己的替身“黄金体验 （Gold Experience）”迎战。乔鲁诺在对战过程中，得知了黄金体验 （Gold Experience）不止只有“赋予生命”这一能力，还有“只让攻击到的对方的感觉暴走”的能力。

理解了乔鲁诺想加入“PASSIONE”这一觉悟的布加拉提，让他去参加面试。考核面试的是在监狱中的干部·波尔波。波尔波叫给乔鲁诺一个点着火的打火机，并命令他不能让火焰熄灭。然而，出现在正在考试中的乔鲁诺面前的是，为了拿回被偷走了的护照而前来的康一。

一旦给打火机的火焰重新点火，波尔波的替身“黑色安息日（Black Sabbath）”却突然出现并发起了攻击。乔鲁诺在苦战之中仍然找到了“黑色安息日”的弱点，与过来帮忙的康一一起迎战。在战斗的过程中康一注意到了“箭”的存在，得知波尔波所设下的这个测验的目的是让替身能力觉醒。

乔鲁诺通过了“PASSIONE”的入团测验，与布加拉提的部下——雷欧·阿帕基、葛德·米斯达、纳兰迦·吉尔卡、潘纳科达·福葛进行了初次会面。加上了乔鲁诺的布加拉提小队，为了回收波尔波的隐藏财产的100亿里拉，向着卡普里岛出发了。与此同时，听说了传闻的“PASSIONE”的流氓们，也盯上波尔波的遗产而开始蠢蠢欲动。

在前往卡普里岛的船上，布加拉提一行人遭到了不明人物的替身攻击。就在一个接连一个地从船上消失了的时候，为了找出隐藏起来的敌人，乔鲁诺自愿受攻击。虽然阿帕基并不信任这个新人，但由于乔鲁诺证明了自己的觉悟，阿帕基发动了自己的替身“忧郁蓝调（Moody Blues）”。将发生在纳兰迦身上的事情“重播（Replay）”后，阿帕基和布加拉提再一次接近了敌人能力的谜团。

打倒盯上了波尔波遗产的组织成员·兹凯罗后，布加拉提就出了被抓住的同伴们。可是兹凯罗在战斗过程中就已经和另一个同伴男子用无线电发了“布加拉提一行人正在前往卡普里岛”的联络。由于忧郁蓝调的能力而得知了那个男子已经潜伏在卡普里岛上的乔鲁诺和米斯达，提议在船舶到达之前登陆岛屿并收拾那名男子。

与乔鲁诺一起登上了卡普里岛的米斯达，找到了兹凯罗的同伴·沙雷。米斯达使用替身“性感手枪（Sexy Pistols）”的能力通过操控射出的子弹进行攻击但在沙雷的替身“手艺工作（Kraft Work）”面前陷入了苦战。尝试着反击的米斯达，他的手中只剩下“4发”子弹了……

成功回收了波尔波的隐藏财产100亿里拉的布加拉提等人。出现在他们面前，组织的干部贝利可罗。从布加拉提那里接收了100亿里拉的贝利可罗，让布加拉提晋升为干部，并传达了老板的命令。指令的内容是，从背叛者们手中保护老板的女儿特莉休·乌纳。

纳兰迦受到了霍尔马吉欧的替身“小脚（Little Feet）”的攻击，身体正在慢慢缩小。然而纳兰迦使用替身“航空史密斯（Aero Smith）”来进行反击。在航空史密斯的猛烈攻击下，霍尔马吉欧想起了“暗杀小组”从老板受到的屈辱回忆……

盯上了老板女儿·特莉休性命的霍尔马吉欧，用小脚的能力将纳兰迦的身体缩小到了几厘米的大小，并将他捕捉。纳兰迦被丢进了装有蜘蛛的瓶子里，责问道特莉休的所在地。在这穷途末路的状况中，在“保护特莉休”这一决意之下，纳兰迦让航空史密斯发射子弹，开始了反击。

为了让特莉休从“暗杀小组”手中安全逃出，老板给布加拉提等人下达的第二道指令是，去拿藏在庞贝古城中的某个“交通工具”的钥匙。乔鲁诺、阿帕基和福葛这三人按照指令，赶往了庞贝古城。然后福葛在挂在遗迹墙壁上的非常不自然的镜子中，发现了奇怪的人影……

潜伏在镜子中的是，暗杀小组的一员·伊鲁索。在伊鲁索的替身“镜中人（Man in the Mirror）”的能力下被拖进了镜中世界的福葛，发动了自己的替身“紫烟（Purple Haze）”，以此迎战。与此同时，认为任务优先的阿帕基，把主张去寻找福葛的乔鲁诺留在原地，自己前往“犬型壁画”的所在地了。然而，就在阿帕基马上就要拿到钥匙的瞬间，他也被拉进了镜中世界……

“将特莉休带到威尼斯去。”听从了老板下一道命令的布加拉提等人前往了那不勒斯车站。“在6号站台中‘乌龟’所在的饮水处使用‘钥匙’”按照指令来到了饮水处的布加拉提，却找不到任何的钥匙孔。与此同时，暗杀小组的普罗修特与贝西也追踪着布加拉提等人来到了那不勒斯车站。布加拉提解开了钥匙孔的谜团后冲进了前往佛罗伦萨的超特快列车。紧追其上的暗杀小组，以及发车了的列车。

为了找出藏在列车中的布加拉提等人，普罗修特使用替身“壮烈成仁（The Greatful Dead）”的能力，将车内的所有人无差别地老化了。而藏在乌龟中的布加拉提等人， 逐渐地开始老化，陷入了巨大的危机中。虽然米斯达前往外面进行了反击，却被设下了陷阱的贝西的替身“沙滩男孩（Beach Boy）”所抓到。普罗修特与贝西，两名暗杀者向米斯达逼近。

在性感手枪No.6的通知下展开了反击的布加拉提，但在壮烈成仁的强大力量面前陷入了苦战。做出了“觉悟”的布加拉提，决定与普罗修特一起同归于尽而投身于时速150km的列车外面。在激斗的结局，普罗修特使用最后的力量发动了壮烈成仁的能力。看到这样的他，贝西并非在“言语”上而是在“内心上”理解了普罗修特的觉悟。布加拉提与贝西的“觉悟”碰撞在一起。

打倒了普罗修特与贝西的布加拉提一行人，使用汽车赶往威尼斯。暗杀小组的梅洛尼采取了残留在现场的布加拉提的血液，发动了自己的替身“娃娃脸（Baby Face）”。从在列车上遭到袭击的女性体内出生的这个替身，是能够自动追踪布加拉提发出的能量的远距离力量型替身。

娃娃脸所生出的替身有着“将人类分解并组合成其他物体”的能力，乔鲁诺以此为提示，认识到了黄金体验的“创造出身体的一部分”这一方法。他恢复了自己被夺去的身体，开始展开反击。与此同时，想要得到特莉休的暗杀小组的加丘，为了与梅洛尼会合，驾车赶往了乔鲁诺他们的所在地。

将空气中的水分凝结至超低温，并将其像盔甲一样复盖在身上的加丘的替身“白色相簿（White Album）”。乔鲁诺和米斯达在行走中的车内受到了低温攻击，也还总算是到达了威尼斯，但却因为驾车冲进了运河里而陷入了绝境之中。面对打算牺牲自己的米斯达，乔鲁诺表示需要的并不是牺牲精神而是“觉悟”。

布加拉提等人终于来到老板所在的威尼斯，也拿到让特莉休与老板会面的办法。老板为了不让别人知道自己的真面目，极为谨慎地做出详细指示，并规定只有一名护卫能陪着特莉休去找他，于是身为干部的布加拉提，理所当然地成为护卫的人，并在临行前让乔鲁诺用“黄金体验”将瓢虫胸针拥有生命，以用来追踪老板。