自幼便能看见常人无法察觉之物的青年椎木湊，被委以管理乡间新建宅院的重任。在庭院中，邻山的山神悄然现身。现代阴阳师播磨苍贺也来到湊身边，一段人与神灵相遇的故事就此展开。

湊为供奉山神及其眷属——瑟莉、托莉卡与乌树，不断呈上精致点心，然而金钱拮据困扰着他。某日，他的命运悄然转变，金运开始涌现，这原是能招来吉兆的灵兽——灵龟之力。

阴阳师一条注意到湊所书护符，前来探访，却被山神之力卷入神域。与此同时，湊接受风神赐予的力量，在神域中开始修行，以提升自身的风之力。

逐渐熟悉风神之力的湊，接到播磨的委托——一座寺院被强大恶灵困扰，阴阳师难以靠近。为了驱除恶灵，湊踏上前往异界的旅程。

春日来临，播磨等阴阳师为频繁出现的恶灵而奔波。与此同时，被众神遗弃的“放弃神域”入口频现，湊被卷入其中，并在神域中遇见了一位神秘女神。

获得女神赐予的「封禁之力」后，湊开始尝试掌握这份力量，却始终难以如愿。在山神的建议下，他前往山中挖竹笋，却意外遭遇一头野生熊。

无法驾驭「封禁之力」的湊，不禁回想起自己的童年。自那时起，他便能看见常人无法察觉之物。在老家的温泉旅馆中，栖息着许多妖怪。某日，一名戴巴拿马帽的神秘男子来到旅馆。

盛夏来临，山神开始为椎木家的庭院换上夏日景致。归途中，湊与山神经过邻山的稻荷神社时，被无形力量牵引。神社祭神天狐与山神之间，似乎存在着一段久远的因缘。

察觉山神因天狐之事而情绪低落的湊，为了让祂振作起来，决定一同前往镇上散心。他们造访刊载甜品资讯的地方杂志出版社，也走访了咖喱店等地。而就在两人悠闲漫步之际，一位意想不到的来客悄然造访椎木家。