爱德与阿尔为了让温柔的妈妈复活，决定挑战被视为最大禁忌的“人体炼成”，然而等待着两兄弟的却是过于巨大的代价。某日，在陷入绝望深渊的两兄弟面前出现一名军人，他给了这两兄弟一个建议，那就是成为国家炼金术师。为了夺回失去的东西，艾尔利克兄弟开始了漫长的旅途！