为了追查贤者之石的真相而潜入第五研究所的爱德，发现了画在地面的贤者之石炼成阵。此时，身穿盔甲的男子48号对爱德发动攻击。另一方面，在研究所外等待爱德的阿尔，也遭到66号的袭击。在激烈的战斗中，他们发现了一个意外的事实，原来48跟66居然和阿尔一样，都是灵魂附着于盔甲上的存在。