秦牧只身搬空黄金宫宝库，并以失迷香麻翻守卫。众人携宝逃离时，暂避于边境村落疗伤休整，从村民口中得知塞外诸国内战真相。巫王搜寻而至，他们凭借提前布下的阵法躲过一劫。

以阵法躲过巫王的搜寻后，秦牧与屠爷爷、瞎爷爷意外重逢。寒暄间，他得知巫尊换上了屠爷爷的下半身。为夺回躯体，素有天可汗之称的屠夫，一刀震慑黄金宫，迫使巫尊在大尊授意下归还身躯。秦牧随即施展从药师爷爷处习得的医术，帮助屠爷爷接回下半身。事了之后，秦牧告别爷爷们继续赶路，他们则返回残老村等待他的归来。

秦牧一行抵达边关时遭遇阻拦，蛮狄国可汗幼子班公措权衡利弊之下，对其下令放行。与此同时，赶来的巫尊发现班公措的体质与大尊相契合，将其选为转世圣童。祖师决意辞官离开太学院，临行前与同道坦诚对话，坚定阐述改革宗派的正道理念。

天圣教弟子云集雍州，秦牧正式接任圣教主之位，承接开山教主魏随风的传承，坐于圣人石上，立下护教与传承的责任。而登基大典的背后，道门视新教主为苍生之祸，决意除之；大擂音宗也因禅子败于教中弟子司芸香，对天圣教心存忌惮。

祖师临行之际，天圣教弟子全员恭送，感念其百年教诲与毕生扶持。秦牧短时间内练就传送法门并参透大一统功法，令教中天王惊叹不已，短暂停留后，心系太学学业的他决定启程前往京城，不料行至半途，便意外卷入坬州的乱世漩涡之中。

在前往京城的途中，秦牧与亦盗亦商的梵云霄同行，并获赠道门秘典《太玄算经》。回到太学院后，秦牧收服了祖师的坐骑龙麒麟，却旋即面临新任大祭酒顾离暖的刁难，幸得霸山祭酒出手维护。国师的突然到访，一语道破秦牧身为天圣教圣教主的秘密……

秦牧面见国师展开理念交锋，以悬顶之剑喻教派存亡。秦牧欲修炼九转三证玄功融合霸体三丹功弥补左肩破绽，却因误抓贡鱼红龙鲤并砍伐皇家上进树，从而触犯律法被召入宫。幸得太后机智进言扭转局面，鉴于此事，延丰帝与秦牧密谈，一番交底之后，秦牧遂奉旨前往丽州平叛。

秦牧率队提前抵达丽州，拜会了丽州府尹虞渊初雨。前线传来收复鹿县的捷报，但秦牧察觉异常，从战场符文中识破了九幽门的陷阱，他虽果断下令弃城撤离，却为时已晚，太学院援军已被一扇凭空出现的诡异大门瞬间吞没。

孝义叛军兵临丽州大营，丽州形势岌岌可危。秦牧等人假扮洪山派弟子混入叛军，在驭龙门少门主的监视下，冒险施展未曾学过的调鬼遣神符字令。

秦牧在祭坛上尝试召唤魔神，但仪式意外失控，导致都天魔王的分身降临天波城。霎时间，血色炼狱笼罩城池，众生危殆。而魔王更以魔语催动祭坛，为真身与天魔众打开了降临此界的通道。

天波城因秦牧召唤都天魔王分身大乱，天魔屠戮四方。秦牧入城欲毁魔王雕像，却遭魔王真身压制。危急时刻，哑巴爷爷放出剑丸化作剑群抵挡魔王。延康国师赶到，一剑斩杀都天魔王，瓦解黑幕屏障。同时，延康大军也兵发天波城，平定天魔之乱。

秦牧召魔王助延康大军收复天波城，却因殃及无辜被国师判功过相抵。事后国师与秦牧闲谈变法困境，又指点他修炼五曜神藏之法。大军挥师南疆后，国师以朝廷、江湖两条规矩逼降叛军，暗中则让秦牧为其疗伤，而旧时代三老怪与南疆宗派已暗中布下杀局，静待国师入瓮。

延康国师率军抵达大襄城，与旧时代三位神桥境巅峰强者及天下英雄对峙。各方势力汇聚于此，一场决定天下命运的决战蓄势待发。

天魔教大军奇袭大襄城扰乱敌阵，为国师创造出手机会；国师一人一剑独战群雄，借九龙帝王功的招式，揭开了叛军首领实为灵家皇族的真面目。

大擂音宗侞莱出面保下穷夫子等叛军归隐，国师顺水推舟结束平叛，独留面具男回京并致其自尽；与此同时，延丰帝因前线学子折损震怒而彻查内奸，并与臣子商议如何通过赏赐来制衡即将归朝的国师。

镇北王灵隐风离世的消息震动朝野，国师府又遭瘸子洗劫，国师无奈之下向秦牧借钱以备吊唁之用。瘸子与马爷一同探望秦牧，还将《剑神背剑图》赠予他。秦牧在修习镇星君神化形态时，与潜藏在自身体内的都天魔王达成协定，立下土伯九约。

都天魔王忽悠秦牧，把承天之门说成能汲取坤元之力壮大魂魄的坤元之门；秦牧念出都天教的幽都语后，巨大的承天之门开启。这扇门是幽都的生死门户，府君明言 “坤元承天，鬼神可进，活人不可进”。

天圣教陆天王追查乾天王死因时，遭太子太师孙难陀以灵宝不动禅功伏击，神藏尽毁、神魂撕裂而亡。临终前告知秦牧，太子党图谋圣教传送秘法。秦牧悲愤之下彻查难陀宗，研究功法破绽，并派人请卫国公到场。他易容成楼兰黄金宫的班公措，以千幢塔为饵在难陀别宫设擂堵门。

秦牧以千幢塔为饵挑衅孙难陀，将其诱至城外圈套。天圣教众一拥而上，合力围杀孙难陀，报乾、陆二天王血仇。随后，以搜魂之术在孙难陀残魂中查出谋害二天王的同谋，秦牧欲行清算，并顺势拉卫国公入教。另一边，太子灵玉夏察觉真相，暗中谋划联合道门圣地对付天魔教。

延康国突遭暴雪天灾，耕地绝收、国祚危急，朝堂旧势力借天灾攻讦国师的变法，逼迫延丰帝废新法。秦牧挺身而出献上止雪救民、清奸固权的计策，获延丰帝力排众议采纳。与此同时，国师携锦娘入小玉京暗查布局，太子勾结旧势力谋逆的阴谋初露端倪。