里加甸魔法学院六年级生——威尔·赛尔佛特，被称为「只擅长学科的书呆子」。威尔连初阶魔法都无法使用，被大家藐视为学院的吊车尾。为了遵守与儿时玩伴——爱尔法利亚的约定，威尔作为魔导士，以最强称号「至高五杖」为目标，但这条路却遥不可及。某日，威尔一如往常在地下城击败魔物赚取学分，却撞见了蔑视自己的同学——席翁等人，正被本来不该出现在低楼层的强敌袭击……

模范生——席翁·亚尔斯塔击倒强敌的话题，在学院里引起热议。但只有席翁和部分教师知道，真正的讨伐者是威尔。即使知道了这件事实，教师爱德沃也不认同完全无法使用魔法的威尔。爱德沃曾无限接近「至高五杖」，是拥有「暗蛇」称号，受人敬畏的魔导士。那样的他以学院教师之名，替威尔准备了特别的课题。

深窗的冰姬——爱尔法利亚，对魔法学院全员下达了敕令。为了挑战「采取霜之步兵的冰核」的委托，威尔拿着室友魔工师——罗斯提制作的魔道具，前往讨伐魔物。威尔与在地下城遇到的爱莉丝一起前进，他用知识、智慧与经验代替「探知魔法」，探索到了「狠角色」的气息。看见威尔熟知对方弱点的战斗方式对战，爱莉丝惊叹不已。

威尔的朋友——珂蕾特·罗瓦尔与席翁都轻松通过了术科考试。学年前三名的莉亚娜·欧文沙斯、伊格诺尔·林德尔、尤里乌斯·雷恩伯格，则已经取得了超过一万个学分。然而威尔连毕业所需的学分都还拿不到，在塔上挖角者蜂拥而至的魔导大祭上，也没有表现的机会。就在大祭即将到来的某一天，威尔正在矮人吉娜的居酒屋打工时，尤里乌斯来到了店里。

以矮人们的名誉为赌注，决心与尤里乌斯战斗的威尔，与珂蕾特、席翁组成小队参加魔导大祭。大祭当天，选手们以精灵用魔法创造的五个场地作为舞台，透过三人一组争夺祭坛王冠的「夺冠赛」决一胜负。珂蕾特的魔法加上威尔自身惊人的体力，使小队顺利前进，会场为此骚然躁动。另一方面，接受珂蕾特的委托，不情愿地加入威尔小队的席翁，其实一直怀抱着在地下城被威尔救助的屈辱。

在魔导大祭众多的观众面前，席翁突然攻击了队友的威尔。他对威尔抱有的复杂感情在比赛中一口气爆发，“努力实现目标而奋斗的威尔，他的眼睛从来没有看向过自己”，席翁将怀抱在心中的这份感情倾注在魔法内攻向威尔，威尔才第一次注意到了席翁的想法。当威尔小队重振起来的时候，尤里乌斯的小队距离王冠只差一步。

尤里乌斯使出了擅长的冰魔法分身成五人将威尔包围。他所使用的是由稀代的天才魔导士爱尔法利亚所创造的十二种冰魔法之一“白之艺术”。会场内因可以自在使出攻击和爆炸的分身陷入沉默。当在场的每个人都认为尤里乌斯才是爱尔法利亚下任接班人的时候，威尔恢复了冷静，用剑粉碎了尤里乌斯的分身。比任何人都熟悉爱尔法利亚魔法的威尔，开始反击。

打败了尤里乌斯的威尔一举成为了众人瞩目的焦点，邀请威尔成为即将到来的综合实习队友的人也络绎不绝。对此感到焦躁的珂蕾特安排了和威尔的约会，却在碰头地点遇到了威尔的室友罗斯提。当双方围绕威尔互相争斗之时，威尔在街上被莉亚娜搭话了。在莉亚娜的邀请下，威尔来到了聚集了席翁、尤里乌斯、伊格诺尔等优秀学员之处。

莉亚娜、伊格诺尔、尤里乌斯、席翁、威尔与珂蕾特，共组队伍参加综合实习。那是要在平时不开放的地下城第七层以下，击倒高学分魔物的危险生存实习。因为莉亚娜等人的能力太强，威尔因此成了小队的负担，但即使如此他仍不气馁，尽力寻找自己能做的事。威尔等人为了寻找首要目标「赫灼的纳贝斯」而抵达了第十层，但那里的大量魔物却都已经死亡，甚至连纳贝斯也已成了尸骸……

因为神秘的巨大魔物，让威尔等人从地下城第十层掉到了第十一层。从这里开始就是不属于学院管理范围，是由「塔」管辖的危险地带。在第十一层与威尔两人独处的伊格诺尔，坦言自己是妖精族中的吊车尾。「至高五杖」之一的艾尔诺·利欧斯·阿尔弗，正是伊格诺尔的同乳义妹。为了亲爱之人以「至高五杖」为目标的威尔，将伊格诺尔的身影与自己重叠在一起。与此同时，珂蕾特与莉亚娜面前出现了两位带有黑暗魔力的魔导士。

来路不明的魔导士们，召唤出破坏了第十层地面的怪物「邪灵公爵」。除此之外，威尔等人还被无数魔物包围，陷入绝境。尽管如此，威尔仍如此说道：「迎击吧」。大家相信他，也发动魔法攻击，却还是无法与邪灵公爵匹敌。威尔在与恐惧战斗的同时，还是振作起来，鼓起勇气冲向敌人。威尔挥舞着珂蕾特以魔力制造出的巨剑，斩向邪灵公爵的翅膀，然而……

在「杖」与「剑」的引导下，威尔将席翁的火焰魔法吸收进剑里，高喊着「炎贵之魔剑」，将邪灵公爵一刀两断。「至高五杖」的光皇之杖——亚隆·马斯特里亚斯·欧尔德金的远征队及时赶到，在他们的帮助之下，威尔等人平安离开地下城。即使回到学院，威尔也忘不了拿起魔剑时的感觉，以及亚隆身边的少年——芬恩。历经激烈战斗的他们在短暂休息之后，学院最后的毕业考也即将展开——