千空一行人为了救助陷入冷冻睡眠的司，挑战人类石化的黑幕。欢迎航海时必备的能力超强船长·龙水成为同伴，并乘坐着热气球去寻宝。一边寻找着船只所需要的燃料·石油，一边根据空中的情报制作科学王国周边的地图。此时，村人们面临了最直接的问题——食粮；千空和大树等人开始了某件事。人类因谜样的光芒被石化后数千年，千空一行人终于开始迈向未知的新世界！ ！

因为有大树等人的努力工作，科学王国才有有了大片的小麦田；但烤出来的面包却是焦黑状态。面临绝望的千空一行人，决定唤醒专业厨师！让石化前曾担任龙水的执事兼厨师的法兰索瓦觉醒。千空现在需要保存食物面包，法兰索瓦回应他的「欲望」而开始行动！另一方面，千空回应了记者南的「欲望」，动手开始制作某个科学物品。

千空得到了相机，从热气球上拍摄航空照片；可是，从照片上仍然找不到油田的情况下，季节来到丰收的秋天。法兰索瓦为了收集食材，跟西瓜一同寻找野猪和松露；千空见状后，想到或许能利用野猪寻找油田……此时，千空一行人正在尝试制作新的科学物品，但不知为何通讯系统受到阻碍……

有人突然地向千空等人发送了令人毛骨悚然的信息。为了查明真相，千空、龙水、铬、玄、羽京五人召开了科学王国的战略会议。为了对抗看不见身影的敌人，千空打算制造科学之眼——雷达&声呐，将人逼出来。得知雷达的特性后，克罗姆想到了什么……​

因库洛姆的活动而发现矿山的科学王国。为了运送造船所需的大量矿石和石油，我们建造了矿车和沥青路面，并获得了配送网络！然而，建造大型机动帆船在技术上非常困难，千空被迫改变计划。就在这时，对机动船比谁都热衷的龙水提出了建议。造船出海达到高潮！

科学船英仙座终于完成了。被选中的成员登上并跳出人类未曾探索过的海洋！目标是百物语的“起点之地”，百夜等人留下的宇宙飞船联盟号沉睡于此。临行前，千空从琉璃口中听说了代代相传给巫女的百物语。与此同时，船上的某位村民揭开了一个一直隐藏至今的重要秘密！

千空和其他人到达了金银岛，据说那里沉睡着白金。随即，我们将与来自该岛的联盟号一起开始探索。同样，舰上待命组也对岛屿周边和海底进行了勘察。半京对曾经无人居住的岛上的大量石像产生了怀疑。与此同时，船上的龙水感觉到有人的目光……另一方面，千空和他的朋友们充分利用科学调查来发现第一批岛民。我试图获取信息，但是……

千空和他的朋友们在岛上有一个美丽的女孩·阿玛莉莉丝。自从五年前阿玛莉莉丝看到侍奉岛主的两只顶级伯劳鸟和雾雨使用石化武器后，她就暗中寻机偷走了他们。千空一听，立刻展开潜入行动，探查头部周围！然而，该项目所需的科学实验室位于被占领的英仙座内。我从远处听到了船的状况，但是……

西瓜和银狼共同努力从英仙座手中拯救移动实验室。与千空等人重聚，一行人致力于帮助小白进行通过美女选拔的物品。

阿玛莉莉斯、银狼和琥珀被选中加入内宫。现在所剩团队分为科学组和间谍组，科学团队需要一种与间谍组秘密沟通的方式。

琥珀潜入敌人的根据地，在那里，发现了沉睡着超级稀有物品“铂金”的宝箱·联盟！但是铂金被厚厚的水泥块覆盖，很难轻易取出。千空和琥珀联手，在敌人不注意的情况下夺取铂金，挑战宝箱开封任务!曾经在这座岛上度过一生的百夜，能为千空留下的重要宝物，能得到吗……！？